Hay dos medicamentos que matan al parásito Trypanosoma cruzi: Benznidazol y Nifurtimox. Son pastillas que se han de tomar bajo supervisión médica por un tiempo de 1 a 3 meses.
Las personas que por la enfermedad de Chagas tengan afectación de corazón o de aparato digestivo, también pueden recibir un tratamiento que mejore estos problemas.